Привет. Устанавливал RDKit. сразу после установки все работало, некоторые химические формулы рисовались. Но что-то случилось, теперь я даже не могу запустить rdkit. Я привожу код и ответы из терминала ниже, как я активировал папку, в которой у меня находится rdkit. Я пытался обновлять conda, думал, проблема в версии. Но rdkit все еще не хочет запускать Chem, пишет, что “from” не является внутренней или внешней
командой, исполняемой программой или пакетным файлом, хотя в документации используется именно такая команда.https://buildmedia.readthedocs.org/media/pdf/rdkit/latest/rdkit.pdf прилагаю ссылку на документацию (стр 17) Пожалуйста, подскажите, что я делаю не так.
(notebook(5.2)) C:\Users\Home>conda activate my-rdkit-env
(my-rdkit-env) C:\Users\Home>conda install -c conda-forge rdkit
Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: done
==> WARNING: A newer version of conda exists. <==
current version: 4.10.1
latest version: 4.10.3
Please update conda by running
$ conda update -n base -c defaults conda
## Package Plan ##
environment location: C:\Users\Home\anaconda3\anaconda\envs\my-rdkit-env
added / updated specs:
- rdkit
The following packages will be downloaded:
package | build
---------------------------|-----------------
openssl-1.1.1l | h8ffe710_0 5.7 MB conda-forge
rdkit-2021.03.5 | py38h6643f78_0 50.4 MB conda-forge
------------------------------------------------------------
Total: 56.1 MB
The following packages will be UPDATED:
openssl pkgs/main::openssl-1.1.1k-h2bbff1b_0 --> conda-forge::openssl-1.1.1l-h8ffe710_0
rdkit 2021.03.4-py38hac5d304_0 --> 2021.03.5-py38h6643f78_0
The following packages will be SUPERSEDED by a higher-priority channel:
ca-certificates pkgs/main::ca-certificates-2021.7.5-h~ --> conda-forge::ca-certificates-2021.5.30-h5b45459_0
certifi pkgs/main::certifi-2021.5.30-py38haa9~ --> conda-forge::certifi-2021.5.30-py38haa244fe_0
Proceed ([y]/n)?
Downloading and Extracting Packages
rdkit-2021.03.5 | 50.4 MB | ############################################################################ | 100%
openssl-1.1.1l | 5.7 MB | ############################################################################ | 100%
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done
(my-rdkit-env) C:\Users\Home>
(my-rdkit-env) C:\Users\Home>conda activate my-rdkit-envfrom rdkit import Chem
activate does not accept more than one argument:
['my-rdkit-envfrom', 'rdkit', 'import', 'Chem']
(my-rdkit-env) C:\Users\Home>from rdkit import Chem
"from" не является внутренней или внешней
командой, исполняемой программой или пакетным файлом.
Окей, rdkit, ради которого все и затевалось, все еще не находится. Я переустановил его заново, он загрузился в my-rdkit-env, я смог запустить my-rdkit-env.
Далее я просто пошел смотреть, как запустить установившийся rdkit, скопировал строчку, но мне выдает ошибку, хотя я делал все как в пособии по rdkit.
(base) C:\Users\Home>conda activate my-rdkit-env
(my-rdkit-env) C:\Users\Home>from rdkit import Chem
"from" не является внутренней или внешней
командой, исполняемой программой или пакетным файлом.
(my-rdkit-env) C:\Users\Home>conda from rdkit import Chem
CommandNotFoundError: No command 'conda from'.
Я подумал, что, возможно, просто стоит работать с rdkit не из под командной строки, а например в
, я проверил, чтобы открылась именно та среда, где я установил rdkit, но на это from rdkit import Chem
мне выдали это
ModuleNotFoundError Traceback (most recent call last)
<ipython-input-1-3a181df69616> in <module>
----> 1 from rdkit import Chem
ModuleNotFoundError: No module named 'rdkit'
Там я не могу сделать с conda вообще ничего, выдает ошибки. При активации среды через питон об этом предупреждают и посылают по ссылке смотреть, как активировать, но команды, которые там предлагаются тоже не работают, либо я что-то не понял.
Python 3.8.8 (default, Apr 13 2021, 15:08:03) [MSC v.1916 64 bit (AMD64)] :: Anaconda, Inc. on win32
Warning:
This Python interpreter is in a conda environment, but the environment has
not been activated. Libraries may fail to load. To activate this environment
please see https://conda.io/activation
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> conda run rdkit
File "<stdin>", line 1
conda run rdkit
^
SyntaxError: invalid syntax
>>> conda run
File "<stdin>", line 1
conda run
^
SyntaxError: invalid syntax
>>> conda activate my-rdkit-env
File "<stdin>", line 1
conda activate my-rdkit-env
^
SyntaxError: invalid syntax
>>> conda install Chem from rdkit
File "<stdin>", line 1
conda install Chem from rdkit
^
SyntaxError: invalid syntax
>>>
если открывая через терминал, conda работала и запускала среду my-rdkit-env, но потом в ней не могла найти установленный там rdkit, то открывая через open with python не работает даже conda
