Если я буду использовать куки браузера в своей программе, могут ли мне за это забанить аккаунт?
Например, чтобы качать приватные/заблокироованные видео со своего канала на ютубе.
Обычно всем пофиг, а так теоретически что-то такое наверно может быть частью попыток обнаружения ботов (например, что внезапно поменялись заголовки браузера в сессии из этих кук).
Авито вроде усиленно с любыми ботами боролся.
Кстати, ютуб уже очень давно позволяет заходить в один и тот же канал одновременно из разных браузеров (даже из разных домов в городе) и никаких предупреждений не выдаёт. Я стараюсь так не делать. Но иногда, по ошибке, всё-же так получается 
Это, видимо, означает, что они за куки не забанят? В браузерах же разные куки создаются и запросы немного отличаются?
Так я не о том. В куках кроме прочего обычно хранится ID сессии на сервере. И вот если ID остался тот же, а браузер поменялся – то это подозрительно.
Но не думаю что ютубу есть дело до этого.
А браузер могут отследить только по юзер-агенту или ещё как-то?
Другие заголовки тоже могут отличаться, отсутствовать. Обычно в ботах всем лень добавлять всякие необязательные заголовки.
Но наверно проще и надежнее определить бота по тому, что JS не работает и ajax запросы не приходят ) Ну если бот не использует Селениум и т.п.
Но таких тоже бывает определяют всякие продвинутые анти-бот/DDoS системы, например, от Cloudflare.
https://www.cloudflare.com/pg-lp/bot-mitigation-fight-mode/
Cloudflare uses a curated subset of billions of requests per day for machine learning, behavioral analysis, and fingerprinting from approximately 25 million Internet properties to accurately classify bots.
ох уж этот Машин Лёнин 