Гуй более удобен для стандартных операций, но желательно знать что как в консоли, почитать справку команд и т.д., чтоб в сложных ситуациях не теряться, ну и не зависеть от конкретного гуя.
“Отменить” это наверно revert, то есть создать новый коммит с изменениями обратными выбранному коммиту.
Так что если с момента коммита были изменения затрагивающие эти файлы (в следующих коммитах или текущее незакомиченное), то может быть конфликт.
Ну так ведь checkout это более стандартная операция, чем всякие реверты, пулы и прочее 
ИМХО
Уже довольно долго все операции выполняю в консольке. На графический интерфейс и правда лучше переходить после длительного использования консоли. Тогда при ошибках в графической оболочке без проблем исправить в консольке. Да и после консоли граф. интерфейс становится более понятным.
P. S.
Приемлемый гайд по гит:
https://git-scm.com/book/en/v2
P. P. S.
Microsoft Visual Studio – очень мощная среда разработки.
Но в данном случае нужно вникнуть в Git - команды. Для понимания удобней использовать консоль, bash + MinGW например. Для винды есть установщик этого комплекта.